Bị kiểm tra thuế thì phải làm gì? Luật Quản lý thuế 2025 bỏ thanh tra thuế từ 01/7/2026

Không doanh nghiệp nào mong cơ quan thuế đến làm việc, nhưng phần lớn nỗi lo đến từ chỗ không biết luật nói gì: bị kiểm tra trong trường hợp nào, họ được ở lại bao lâu, mình có quyền gì, và liệu còn kịp sửa sai không. Từ 01/7/2026 câu chuyện còn thay đổi ở một điểm rất lớn mà nhiều kế toán chưa cập nhật — nên đây là bài đáng đọc trước khi quá muộn.

Mọi trường hợp, thời hạn và điều luật trong bài trùng khớp từng chữ với công cụ Kiểm tra thuế trong Kê Khai (module taxInspection.ts) — không có chuyện bài viết nói một đằng, ứng dụng tính một nẻo.

Điểm mới lớn nhất: từ 01/7/2026, KHÔNG còn thanh tra thuế

Trước đây cơ quan thuế có hai cơ chế song song: thanh tra thuế và kiểm tra thuế. Rất nhiều kế toán vẫn mang mô hình hai-quy-trình này trong đầu — và bây giờ nó đã sai.

Từ 01/7/2026, Luật Quản lý thuế 2025 (Luật số 108/2025/QH15) bỏ hẳn thanh tra thuế — cơ quan thuế không còn tổ chức thanh tra thuế nữa; kiểm tra thuế (Điều 22) trở thành cơ chế kiểm tra duy nhất. Đây là một điểm mới, không phải chi tiết nhỏ: nếu bạn đọc một hướng dẫn cũ nói về “quy trình thanh tra thuế”, nó đã thuộc về giai đoạn trước.

Kỳ tính thuế ≤ 30/6/2026 vẫn thuộc Luật QLT 38/2019 (khi thanh tra thuế và kiểm tra thuế còn áp dụng cùng lúc); từ 01/7/2026 áp dụng Luật QLT 108/2025 Điều 22. Kê Khai chọn điều luật theo kỳ nên tờ khai của giai đoạn nào vẫn dẫn đúng luật của giai đoạn đó.

1. Doanh nghiệp dễ bị kiểm tra tại trụ sở trong trường hợp nào?

Điều 22 khoản 3 liệt kê các trường hợp kiểm tra. Dưới đây là những nhóm một kế toán doanh nghiệp cần tự soi để biết mình có đang ở diện rủi ro cao hay không. Hai nhóm đầu là những nhóm do chính hành động của doanh nghiệp mang lại — đáng lưu ý nhất.

⚠️ Sự kiện rủi ro cao. Doanh nghiệp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình, giải thể, phá sản, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, hoặc chuyển địa điểm kinh doanh — đây là nhóm rủi ro cao thường bị kiểm tra tại trụ sở. Đây là các thủ tục doanh nghiệp chủ động làm; hãy dọn sạch sổ sách, hoàn thành nghĩa vụ thuế và soát lỗi trước khi thực hiện.
⚠️ Dấu hiệu vi phạm. Có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế qua phân tích dữ liệu, đối chiếu hoá đơn, hoặc thông tin từ bên thứ ba.
Hoàn thuế. Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; hoặc kiểm tra sau hoàn thuế theo nguyên tắc quản lý rủi ro, trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
Kế hoạch / chuyên đề. Được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm dựa trên đánh giá rủi ro của cơ quan thuế.
Theo yêu cầu. Theo yêu cầu, kiến nghị của cơ quan, người có thẩm quyền, hoặc các trường hợp khác do pháp luật quy định.

Điều đáng chú ý: hai nhóm rủi ro cao nhất — sự kiện vòng đời doanh nghiệp và dấu hiệu vi phạm — đều là những thứ bạn có thể chuẩn bị trước. Một doanh nghiệp sắp giải thể hay chuyển địa điểm biết mình đang bước vào diện rủi ro cao, nên có thời gian soát lỗi và tự khai bổ sung trước (xem mục 4).

2. Một cuộc kiểm tra kéo dài bao lâu?

Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế có thời hạn cụ thể — cơ quan thuế không được ở lại vô thời hạn:

Trường hợp	Thời hạn tối đa	Gia hạn
Thông thường	không quá 20 ngày làm việc kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra	được gia hạn 01 lần, không quá 20 ngày
Doanh nghiệp có giao dịch liên kết	không quá 40 ngày	được gia hạn 01 lần, không quá 40 ngày

(Luật QLT 108/2025 Điều 22.) Doanh nghiệp có giao dịch liên kết được cho thời hạn dài gấp đôi vì hồ sơ xác định giá phức tạp hơn — nhưng vẫn là con số hữu hạn, và cũng chỉ được gia hạn một lần.

3. Quyền của bạn khi bị kiểm tra

Người nộp thuế không phải là bên bị động. Điều 22 cho bạn những quyền cụ thể:

Từ chối kiểm tra không hợp lệ. Từ chối khi cơ quan không xuất trình quyết định kiểm tra hợp lệ, hoặc khi bị yêu cầu cung cấp tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra. Đây là tuyến phòng thủ đầu tiên.
Giải trình và bảo lưu ý kiến. Giải trình các vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra và bảo lưu ý kiến của mình trong biên bản kiểm tra — biên bản không phải là lời cuối của một phía.
Khiếu nại, khởi kiện. Khiếu nại, khởi kiện quyết định, hành vi hành chính; yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật.
Tố cáo. Tố cáo hành vi vi phạm pháp luật của công chức, cơ quan thuế trong quá trình kiểm tra.
Không phải cung cấp lại dữ liệu. Không phải cung cấp lại thông tin, tài liệu mà cơ quan thuế đã có trong hệ thống thông tin quản lý thuế — quyền được mở rộng theo Luật QLT 2025.

4. Hành động tiết kiệm tiền nhất: tự khai bổ sung TRƯỚC khi công bố quyết định

Đây là phần quan trọng nhất của cả bài, vì nó gắn với một con số cụ thể trong hoá đơn phạt: 20%.

Khi khai thiếu số thuế phải nộp, mức phạt là 20% số tiền thuế khai thiếu (NĐ 125/2020 Điều 16), cộng tiền chậm nộp 0,03%/ngày. Nhưng luật cho một cửa thoát — và cửa đó đóng lại đúng vào thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra:

✅ Trước khi công bố quyết định kiểm tra. Nếu bạn tự phát hiện sai sót và khai bổ sung, tự giác nộp đủ tiền thuế thiếu + tiền chậm nộp TRƯỚC khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thì không bị phạt 20% tiền thuế khai thiếu (chỉ nộp tiền chậm nộp 0,03%/ngày).
⚠️ Sau khi công bố quyết định kiểm tra. Nếu sai sót chỉ được sửa sau khi cơ quan thuế đã công bố quyết định kiểm tra (hoặc bị cơ quan thuế phát hiện), thì khoản khai thiếu bị phạt 20% ngoài tiền thuế và tiền chậm nộp — miễn trừ tự nguyện không còn.

Cơ sở: NĐ 125/2020/NĐ-CP Điều 9 (sửa đổi tại NĐ 310/2025/NĐ-CP) — carve-out tự giác khắc phục. Cùng một quy tắc “trước/sau khi công bố” này là logic Kê Khai dùng để tính phạt (cờ auditAnnounced trong penalty.ts): bật cờ lên và số phạt 20% xuất hiện; tắt đi và chỉ còn tiền chậm nộp.

Vì thế mọi nhóm rủi ro cao ở mục 1 đều có chung một lời khuyên: đừng đợi. Một doanh nghiệp sắp giải thể, sắp bị kiểm tra theo chuyên đề, hay tự thấy hồ sơ có dấu hiệu lệch — cửa sổ tiết kiệm 20% vẫn còn mở cho tới khi quyết định kiểm tra được công bố. Sau đó thì không.

Ranh giới: Kê Khai làm gì và không làm gì

Kê Khai chỉ hướng dẫn trường hợp bị kiểm tra, thời hạn, quyền của người nộp thuế và thời điểm tự khai bổ sung — chưa quản lý toàn bộ quy trình phản hồi (theo dõi yêu cầu cung cấp tài liệu, biên bản kiểm tra, xử lý kết luận). Việc soát lỗi trước khi bị kiểm tra dùng bước “Soát lỗi” trong tờ khai: nó đối chiếu số bạn đã khai với số tính lại, để bạn tìm ra sai sót và khai bổ sung trước khi cửa sổ 20% đóng lại.

Tóm lại

Từ 01/7/2026, Luật QLT 108/2025 bỏ hẳn thanh tra thuế; kiểm tra thuế (Điều 22) là cơ chế duy nhất.
Bạn dễ bị kiểm tra tại trụ sở nhất khi có sự kiện vòng đời (giải thể, sáp nhập, chuyển địa điểm…) hoặc dấu hiệu vi phạm — cả hai đều báo trước để bạn chuẩn bị.
Một cuộc kiểm tra kéo dài không quá 20 ngày (hoặc 40 ngày nếu có giao dịch liên kết), gia hạn một lần.
Bạn có quyền từ chối kiểm tra không hợp lệ, giải trình, bảo lưu ý kiến, khiếu nại/khởi kiện, tố cáo, và không phải nộp lại dữ liệu cơ quan thuế đã có.
Cửa thoát 20%: tự khai bổ sung + nộp đủ TRƯỚC khi công bố quyết định kiểm tra. Sau đó, phạt 20% là bắt buộc.

Mỗi con số ở trên đều kèm điều luật, vì đó là cách Kê Khai giúp bạn tin vào tờ khai của mình — và biết chính xác mình còn bao nhiêu thời gian để tự sửa.